Wernor Herzog a treize ans lorsque, par le plus grand des hasards, il se retrouve a Munich pendant quelques mois dans le même appartement que Klaus Kinski. Il se rend compte de la folie de Kinski lorsque celui-ci saccage l'appartement et sait donc à quoi s'en tenir lorsque, quelques années plus tard, il l'engage pour Aguirre, la colère de Dieu. Ennemis intimes retrace la relation passionnelle d'amour et de haine entre un réalisateur et son acteur fétiche.